湖南新高考模式下，平行志愿填报与投档采用院校专业组模式。
院校专业组指的是某一高校对考生选考科目要求相同的专业的组合。一所院校可设置一个或多个院校专业组，每个院校专业组内可包含数量不等的专业。同一院校专业组内各专业对考生的选考科目要求相同，选考科目要求不同的专业必须分别设置院校专业组。当然，同一院校选考科目要求相同的专业也可分设在不同的院校专业组中。
平行志愿投档原则是分数优先、遵循志愿、一轮投档。分数优先是指先从最高分考生开始，依次检索和投档。遵循志愿是指当轮到检索某一考生时，遵循该考生所填报的志愿顺序检索，当符合投档条件且院校有计划余额时，即被投档。一轮投档是指考生的档案一旦被投出去，其在这一轮次所填报的后续志愿即被作废，考生如果被退档，则只能参加本批次征集志愿或者下一批次投档。
这里还要注意的是，考生并不是每个院校只能填报一个专业组，而是可以填报同一院校的n个专业组，一个院校专业组就是一个平行志愿。这n个专业组也不一定要排在一起，考生可以根据自己的实际情况调整院校专业组顺序。
比如：A大学专业组4选考科目要求为首选科目物理、再选科目不限，包括通信工程等若干专业；A大学专业组5选考科目要求为首选科目物理、再选科目化学或生物，包括临床医学等若干专业。如考生拟报考A大学通信工程和临床医学两个专业，则应同时填报A大学专业组4和A大学专业组5两个院校专业组志愿，并分别在两个院校专业组中填报通信工程、临床医学专业志愿。假如这个考生把A大学专业组4填报在第1位，A大学专业组5填报在第2位，他的档案一旦投进了A大学专业组4，那么A大学专业组5及后续志愿即被作废，本轮次不会有第二次投档机会了。